Ведомство министра обороны (англ. Office of the Secretary of Defense)
- Консультативный комитет по оборонной политике (англ. Defense Policy Board Advisory Committee)
- Управление общих оценок (англ. Office of Net Assessment)
- Служба генерального инспектора (англ. Office of Inspector General)
- Служба Криминальных Расследований (англ. Defense Criminal Investigative Service)
Военные ведомства (англ. Military Departments)
- Министерство Армии (англ. Department of the Army), включает сухопутные войска.
- Военно-морское министерство (англ. Department of the Navy), включает военно-морские силы и морскую пехоту.
- Министерство военно-воздушных сил (англ. Department of the Air Force), включает военно-воздушные силы.
Объединённый комитет начальников штабов (англ. Joint Chiefs of Staff)
- Военно-морская обсерватория США (англ. United States Naval Observatory)
Объединённые боевые командования (англ. Unified Combatant Commands)
- Центральное командование ВС (англ. Central Command — CENTCOM)
- Европейское командование ВС (англ. European Command — EUCOM)
- Объединённое командование единых ВС (англ. Joint Forces Command — JFCOM)
- Северное командование ВС (англ. Northern Command — NORTHCOM)
- Тихоокеанское командование ВС (англ. Pacific Command — PACOM)
- Командование ВС в Центральной и Южной Америке (англ. Southern Command — SOUTHCOM)
- Командование ВС в Африке (англ. Africa Command — AFRICOM)
- Командование сил специальных операций (англ. Special Operations Command — SOCOM)
- Стратегическое командование (англ. Strategic Command — STRATCOM)
- Транспортное командование (англ. Transportation Command — TRANSCOM)
Оборонные агентства (англ. Defense Agencies)
- Управление перспективного планирования оборонных научно-исследовательских работ США (англ. Defense Advanced Research Projects Agency)
- Агентство по снабжению министерства обороны (англ. Defense Commissary Agency)
- Агентство контрактного аудита министерства обороны (англ. Defense Contract Audit Agency)
- Агентство по управлению контрактами министерства обороны (англ. Defense Contract Management Agency)
- Служба финансов и бухгалтерии министерства обороны (англ. Defense Finance and Accounting Service)
- Управление информационного обеспечения министерства обороны (англ. Defense Information Systems Agency)
- Разведывательное управление министерства обороны (англ. Defense Intelligence Agency)
- Юридическое агентство министерства обороны (Defense Legal Services Agency)
- Управление тыла министерства обороны (англ. Defense Logistics Agency)
- Управление военного сотрудничества министерства обороны (англ. Defense Security Cooperation Agency)
- Служба безопасности министерства обороны (англ. Defense Security Service)
- Агентство по сокращению военной угрозы (англ. Defense Threat Reduction Agency)
- Агентство противоракетной обороны (Missile Defense Agency)
- Агентство национальной безопасности (англ. National Security Agency)
- Национальное разведывательное управление (англ. National Reconnaissance Office)
- Национальное агентство графических и картографических работ(англ. National Geospatial-Intelligence Agency)
- Служба безопасности Пентагона (англ. Pentagon Force Protection Agency)
Внешние учреждения министерства обороны (англ. Department of Defense Field Activities)
- Служба информации Вооружённых сил США (англ. American Forces Information Service)
- Управление по делам военнопленных/пропавших без вести (англ. Defense Prisoner of War/Missing Personnel Office)
- Служба образовательной деятельности министерства обороны (англ. Department of Defense Education Activity)
- Агентство общеобразовательных школ для детей военнослужащих (англ. Department of Defense Dependents Schools)
- Агентство по управлению деятельностью трудовых ресурсов (англ. Department of Defense Human Resources Activity)
- Служба экономического регулирования (англ. Office of Economic Adjustment)
- Агентство по управлению военным страхованием (англ. Tricare Management Activity)
- Административно-штабная служба зоны Вашингтон (англ. Washington Headquarters Services)
В 2003 году национальная система связи (англ. National Communications System) была переведена под управление министерства внутренней безопасности (англ. Department of Homeland Security).
В 2009 году президент США Барак Обама распорядился о создании ещё одного внутриведомственного подразделения — департамента по борьбе с компьютерным шпионажем и кибертерроризмом, в связи с участившимися случаями проникновения хакеров таких стран, как Китай и Россия, в компьютерные сети Пентагона. Военный руководитель в чине генерала будет назначен главой этого ведомства, которое будет также заниматься вопросами американского военного кибер-шпионажа в других странах
